De Burchtheuvel zit vol sporen die aanwijzingen opleveren over de vroegste geschiedenis van Leiden. Archeologen ontdekten dat de heuvel eind negende eeuw moet zijn opgeworpen met plaggen en klei. Daarna werd hij in een aantal fasen opgehoogd tot rond 1150 de huidige omvang tot stand kwam. De burchtheuvel is een zogenaamde motte. Dit type fortificatie kwam veel voor in het Europa van de elfde tot en met de dertiende eeuw. Boven op de motte stond een ringmuur met weergang en een - nu verdwenen - toren. Het smalle poortje in de westzijde van de ringmuur vormde in de middeleeuwen de entree. Een nu verdwenen houten brug van de Maarsmansteeg over de Nieuwe Rijn leidde naar de toenmalige ingang.

Rijnarmen

De Burcht stond op een strategische plek: ten westen komen twee Rijnarmen samen, en de Mare mondde er uit in de Rijn. Het was een kruispunt van noord-zuid en west-oost verbindingen. Een goede plek dus om scheepvaart en oversteek te controleren.

Bouwheren

Mogelijke bouwheren zijn de graaf van Holland of de bisschop van Utrecht. Tot in de twaalfde eeuw betwistten zij elkaar de zeggenschap over dit gebied. Vanaf 1206 was de Burcht in ieder geval in handen van de graaf van Holland. Deze had rond 1200 ook een residentie had laten bouwen op de andere oever van de Rijn (nabij het huidige Gravensteen).

Stadspark

Al in de veertiende eeuw verloor de Leidse Burcht zijn militaire functie. Geleidelijk aan werd zij ingesloten door bebouwing. In 1651 kocht de stad het complex voor 70.000 gulden van de laatste burggraaf. De bekende zeventiende-eeuwse architect Pieter Post ontwierp de benedenpoort en Jacob Roman de bovenpoort. Het zeventiende-eeuwse ijzeren hek aan de voet van de Burchtheuvel staat tussen twee laatgotische zuiltjes afkomstig van de nabijgelegen Visbrug. Vanaf de zeventiende eeuw deed de Burcht dienst als stadspark en als 'watertoren'. Vanuit een waterkelder onder in de heuvel werd water omhoog gepompt naar de twee waterreservoirs boven in de Burcht. Van daaruit liepen leidingen naar de visfontein aan de andere kant van de Nieuwe Rijn én naar een fontein aan de voet van de Burcht